Totalt vernes 354 kvadratkilometer på vest- og sørsiden av øyene på Hvaler. Også strandlinjen og mye av kystskogen vernes, og noen eksisterende naturreservater innlemmes, men 96 % av naturreservatet er under vann. Det er foreslått å bygge et nasjonalparksenter som kan ta imot alle turistene og brukes til undervisningsformål, slik at vi kan lære om naturverdiene her, og lettere oppleve det som befinner seg i det våte element.
Under vannflaten utenfor Hvaler er det flere rev av kaldtvannskoraller (Lophelia pertusa). Det største korallrevet, som befinner seg på nordsiden av Tislerøyene, er dokumentert til å være 1200 meter langt. Slike rev er svært skjøre, og tar lett skade av både tråling og forurensning. Det er registrert både gule og hvite varianter av disse ekstremt saktevoksene kaldtvannskorallene i området. De marine forholdene i skjærgården her er spesielle på grunn av utløpet til Glomma, som bringer med seg ferskvann med mye næringsstoffer, og den varierte undersjøiske topografien. Biomangfoldet ved korallrevene og den frodige algefloraen gjør området internasjonalt unikt.
Viktige naturverdier på land inkluderer kystbarskog, lyngheier og flere andre naturtyper, og rommer et meget rikt dyre- og planteliv. Hele 131 arter i området står på rødlisten. Hvaler er den kommunen i landet med flest registrerte rødlistede karplanter, og mange vegetasjonssamfunn her er helt unike. Og så mange som en tredjedel av de sjeldne og utrydningstruede planteartene i Norge er representert her, blant annet toppstarr, bittergrønn, sumpdylle, vassmynte, jordbærkløver, strandtorn og vårmarihand.
Hvaler Fiskerforening, som har en del fiskere som tråler reker, har vært med på verneprosessen. De ønsker også trålfrie områder for å ta bedre vare på korallrevene, som er yngleplasser for store deler av den marine faunaen de høster fra.
Flere allerede eksisterende naturreservater innlemmes i den nye nasjonalparken (Søndre Søster, Møren, Heia og Akerøya). På svensk side av grensen kommer Kosterhavets nasjonalpark. Parkene har felles offisiell åpning den 9. september 2009, med Kronprins Haakon og kong Carl Gustav av Sverige til stede, samt diverse arrangementer i hele perioden fra 5.-13. september.

